La fruttificazione, così come tutta la vita della pianta, è regolata dagli ormoni della crescita quali auxine, giberelline, citochinina, etilene e acido abscissico.
Un fiore impollinato e fecondato è in grado di produrre un frutto, solo se auxine e giberelline stimolano le cellule dell'ovario a moltiplicarsi e a ingrandirsi fino ad arrivare alla maturazione che è un fenomeno di origine ormonale dove l'etilene gioca un importante ruolo. L'attività respiratoria della pianta e quindi il suo consumo di ossigeno determina la rapidità della maturazione del frutto, alcuni frutti (mele, pere, pomodori, ecc.) detti climaterici, maturano rapidamente e sono in grado di portare avanti il processo di maturazione anche dopo l'abscissione, mentre altri (limoni, uva, fragole ecc.) detti non climaterici hanno tempi di maturazione più lunghi senza sensibili aumenti dell'attività respiratoria e interrompono la maturazione dopo il raccolto.

Durante la maturazione si verificano importanti cambiamenti tutti mirati alla dispersione dei semi, così ad esempio nei frutti carnosi, l'aumento della sintesi di pigmenti coloranti (antociani) a scapito della diminuzione della clorofilla rendono il frutto più appariscente, la trasformazione delle pectine dei tessuti rende la polpa più morbida e la saccarificazione degli amidi e la riduzione dell'acidità del succo cellulare la rendono più grata al palato.

Il gineceo o pistillo è la parte femminile del fiore che è composto da uno o più carpelli concresciuti, nel quale si distinguono tre regioni: l'ovario (che è la parte inferiore ingrossata che contiene gli ovuli), lo stilo (che è la parte assiale) che termina con lo stimma che riceve e trattiene il polline.
Per capire la formazione del frutto è importante conoscere la posizione dell'ovario che può essere:

supero se è inserito sopra gli elementi della corolla,

infero saldato al ricettacolo se inserito sotto gli elementi della corolla,

infero libero se inserito sotto gli elementi della corolla ma non saldato al ricettacolo,

infero libero con più ovari,

semi-infero saldato.

L'ovario presenta una o più cavità formate da uno o più carpelli (originati da foglie fertili trasformate) saldati fra di loro, all'interno delle quali sono custoditi gli ovuli che si sviluppano in semi. Il modo in cui sono saldati i carpelli determina la posizione degli ovuli che sono fissati su un tessuto particolare chiamato placenta.

Normalmente l'ovario supero partecipa da solo alla formazione del frutto (gimnocarpi) in questo caso la porzione extracarpellare prende il nome di clamidocarpo. In un certo numero di specie con ovario infero, altre parti del fiore o dell'infiorescenza si associano e si sviluppano con l'ovario originando falsi frutti detti angiocarpi.
Quando le parti del fiore che persistono nel frutto non sono concresciute e intimamente unite ad esso si chiamano induvie (è il caso delle ali delle samare, del pappo di certi acheni, della cupola delle ghiande, del cardo delle castagne ecc.) mentre la parte del frutto che deriva dal pistillo nudo (senza strutture accessorie) è chiamata pericarpo.

Durante la fruttificazione i petali si separano rapidamente dal fiore al contrario dei sepali che spesso restano al loro posto.
Gli stami appassiscono o cascano, ma possono anche persistere più o meno a lungo attorno al frutto.
Il ricettacolo può diventare carnoso come nella fragola (Fragaria vesca), avvolgente e edule come nella mela (Malus domestica).
Il calice può accompagnare il frutto nel suo sviluppo come in Physalis alkekengi dove accrescendo forma un involucro rigonfio.
Le brattee involucrali possono fondersi a formare parte del frutto come la cupola della ghianda (Quercus robur)
Anche il pedicello fiorale può diventare un frutto come succede nel commestibile pomo d'anacardio (Anacardium occidentale).

In ogni frutto è possibile riconoscere le varie parti che lo compongono, ognuna delle quali ha origine da una componente del gineceo, che essendo una foglia modificata, ha una struttura anatomica a tre strati che corrispondono all'epidermide superiore, a quella inferiore e al mesofillo. Così il frutto propriamente detto, che contiene i semi a prescindere dalle parti extracarpellari, può essere così schematizzato:

epicarpo, che ha origine dall'epidermide esterna dell'ovario (proveniente dall'epidermide inferiore della foglia carpellare), costituisce la parte esterna del frutto la cui superficie può assumere aspetti assai differenti: può essere liscia come nella ciliegia (Prunus avium), pruinosa come nell'uva (Vitis vinifera) e nella susina (Prunus domestica), pelosa come nella pesca (Prunus persica), membranosa ed anche spinosa come nella noce di Datura stramonium. Quando la parte esterna del frutto non proviene dal pistillo ma da brattee, sepali o petali, viene denominata esocarpo.

mesocarpo, che deriva dal parenchima della parete mediana dell'ovario (originato dal mesofillo della foglia carpellare), può essere duro e coriaceo come nei frutti secchi o carnoso (sarcocarpo) come nella pesca.

endocarpo, che deriva dall'epidermide interna dell'ovario (originata dalla parete superiore della foglia carpellare), non sempre è distinto e può essere carnoso come nell'uva, duro e tenace come nell'olivo, con peli rugosi come nel limone.

Disegno di Giovanni Dose